超聲胃鏡檢查不全面，是一種輔助檢查方法，而腸鏡是一種可以直觀地觀察到結腸、直腸等結腸部位的病變的器質性檢查方法。兩者在檢查方法、適應證、檢查費用等方面均有所不同。

1、檢查方法：超聲胃鏡是利用插入胃鏡的超聲波，使胃鏡穿過食管腔，直接觀察消化道內的病變;而腸鏡是通過肛門將腸鏡循腔緩緩插入結腸中，可直接觀察腸道是否存在黏膜病變;

2、適應證：由于超聲胃鏡的局限性，對于隆起性病變不能明確診斷，而腸鏡可以較為清晰地觀察腸道病變。當患者胃腸道出現出血、梗阻、潰瘍等病變時，可優先考慮使用超聲胃鏡進行檢查。但超聲胃鏡對息肉的診斷性較低;

3、檢查費用：由于超聲胃鏡需要使用造影劑，因此在檢查費用方面相對于腸鏡檢查較高。但由于腸鏡檢查是經肛門進行，所以在費用方面相對于超聲胃鏡費用較低;

4、副作用：由于超聲胃鏡需要對患者進行麻醉，因此在檢查過程中，部分患者會出現惡心、嘔吐等副作用。而腸鏡檢查一般不會出現上述反應，部分患者可能會出現腹脹、腹痛等表現;

5、操作方法：超聲胃鏡由于不能對病變部位進行放大，因此不能明確病變的嚴重程度，只能對病變的位置進行拍照，因此相對于腸鏡而言，更容易出現遺漏病變的情況。而腸鏡是經肛門進入腸道，可直接觀察腸道是否存在黏膜病變。

除上述區別外，超聲胃鏡和腸鏡均可用于對消化道疾病的診斷，如果患者有消化道癥狀想要明確病變部位，建議優先考慮使用腸鏡檢查。