超聲波內鏡檢查一般不痛苦，因為超聲波內鏡是無創檢查，是將內鏡探頭插入消化道進而獲取消化道圖像，通常沒有痛苦。超聲內鏡是比較先進的消化內鏡技術，與胃鏡相比，超聲內鏡檢查的優點主要為無創、無輻射、診斷準確率高、并發癥少等。

1、無創：超聲內鏡是無創檢查，所以不痛苦，但由于內鏡是通過口腔進入消化道，檢查過程中可能會產生惡心、干嘔等癥狀;

2、無輻射：超聲內鏡是比較先進的消化內鏡技術，主要是利用微型高頻電磁場使內鏡當中的離子發生共振，使得體內的水分子等反射回來，形成圖像用于臨床診斷，通常不會對身體造成輻射;

3、診斷準確率高：通過超聲內鏡檢查，可以較為清晰地顯示出食管、胃、小腸、大腸等部位的病變，對于腫瘤疾病的診斷準確率較高，甚至可以達到病理活檢的作用;

4、并發癥少：由于超聲內鏡是無創性檢查，所以一般不會引起患者出現不適癥狀，較為安全。

此外，超聲內鏡檢查前需進行飲食控制，檢查前3天應當禁食、禁水，由于胃腸道內聚積了大量的食物殘渣和水液，如果胃腸道清理不干凈，可能會影響診斷結果。進行超聲內鏡檢查時，應當放松心情，避免過于緊張，盡量在醫生指導下進行檢查。